上のリンクを見に行っていただければわかりますが、たとえ「送料無料」となっている商品でも「これは特別に追加料金（送料）をいただきます」という新しい仕組みです。
ぶっちゃけますと。
「重いもんとかかさばるもんとか運送屋さんが大変なんで別料金ちょーだい」
「保存するだけでも場所食うもんは追加料金ちょーだい」
ということではないかと。この特別取扱ってついてる商品見てくと「ミネラルウォーター」とか重いものが多かったりしますんで、だいたいあってるんじゃないかなーと。
なんだよ送料とは別に金かかるのかよ！という人もいるでしょうが......まぁプライム会員ならこの料金かからないんでよくAmazonを利用する人はプライム会員になりたまへということなんでしょう。
昨今いろいろとAmazonの周辺は騒がしいところですので仕方ないことかもしれません。Amazonの悪魔としては「年間12回以上注文する人」ならプライム会員になってしまってお急ぎ便とか無料にしてしまった方がよいと考えています。
実際の理由はわかりませんが、年会費3900円でいろいろ特典ついてるAmazonプライムに入ってしまうのはなかなかオススメです（＾＾）